本实验通过三维仿真技术模拟了透射电镜样品制备的实验操作过程，真实还原了实验所需的仪器设备和试剂等。由于电子束的穿透力很弱，因此用于透射电镜观察的标本必须要非常薄，需借助超薄切片机制成厚度约50nm左右的超薄切片。为保证观察结构或成分的真实性，需要将样品经过固定环节处理，样品的选取也要达到一定的要求，同时还要经过脱水、浸透、聚合包埋的过程，将柔软的样品制作成适当硬度的包埋块以适于超薄切片。另外，为了提高结构成分散射电子的能力，以增加图像反差以利于观察，需要进行重金属盐类选择性地与生物样品中不同结构成分相结合，也就是染色过程。这样样品经过国定、脱水、浸透、聚合包埋、切片、染色等一系列繁琐的制备过程，才可以观察。